Действие сюжета игры начинается в 2001 году во время войны в Афганистане и продолжается до марта 2002. Разведгруппа спецподразделения ВМС США DEVGRU с позывным «Нептун» послана на встречу с афганским информатором Тариком, который имеет разведданные, необходимые ЦРУ. Параллельно с «Нептуном» в Афганистане действует спецподразделение Армии США «Дельта», позывной «Волки».
Сюжет игры основан на реальных событиях, произошедших во время операции «Анаконда» на горе Такур-Гар.
