Игра начинается с того, что Бэтмен привозит пойманного Джокера в психиатрическую клинику Аркхем. Бэтмену не нравится то, что Джокер слишком просто сдался, поэтому он решает сопровождать психопата в клинике. Вскоре Джокеру удаётся сбежать из рук охраны, и, освободив всех заключенных, захватить с их помощью весь остров Аркхем. Джокер запрещает полиции и супергероям вмешиваться в его дела, так как он заминировал весь Готэм-сити, поэтому Бэтмену помогают лишь горстка охранников во главе с Джеймсом Гордоном, Аароном Кэшом и Оракулом (Барбарой Гордон).
В ходе расследований планов Джокера Бэтмен узнаёт о том, что некая доктор Янг создала новый мутаген на основе «Венома» Бэйна — «Титан», который делает простого человека невероятно сильным как Бэйн. Этот проект был тайно финансирован самим Джокером, который хочет создать непобедимую армию монстров.
