Действие Red Alert 3 разворачивается вскоре после поражения Советского Союза во второй части игры. Полковник Черденко, один из близких приближенных Генерального секретаря Романова, вместе с последним командующим Красной Армии генералом-лейтенантом Николаем Крюковым и учёным-физиком Григорием Зилинским, приводит в действие секретный проект Зилинского — машину времени. В результате он попадает в прошлое, на V Сольвеевский конгресс 1927 года, где Черденко убивает Альберта Эйнштейна, сделавшего решающий вклад в техническую мощь Альянса.
Таким образом, все меняется: Черденко становится генсеком вместо Романова, главнокомандующим советской армией вместо Владимирова теперь является генерал Крюков, а Красная Армия уже заняла всю Западную Европу и готовятся выбить НАТО из Англии. Однако неожиданно на горизонте появляется новый враг — Империя Восходящего Солнца, которая наносит внезапный удар по восточным границам СССР.
