Игра является дополненной версией двух предыдущих игр — Pokémon Gold и Silver. В начале боя показывается анимация вражеского покемона — у каждого вида покемонов своя анимация. Впервые в серии появилась возможность играть за девочку, а не только за мальчика, как было в предыдущих играх серии. Чуть изменён дизайн некоторых персонажей и покемонов. Была добавлена новая сюжетная линия, связанная с легендарным покемоном Суйкуном. Самое крупное нововведение — Башня сражений — локация, где проходят особенно сложные бои покемонов по определённым правилам.
