Сюжет игры практически не связан с первой частью, но действие происходит в том же городке.
Главного героя зовут Джеймс Сандерленд. Однажды он получает письмо якобы от своей умершей жены Мэри. По приглашению в письме он приезжает в Сайлент Хилл, где они когда-то провели медовый месяц. Но много воды утекло с того времени, и Сайлент Хилл очень изменился. На пустых улицах Джеймс встретит очень странных людей и не менее странных созданий. Для того, чтобы покончить с клубком тайн и загадок ему придется вспомнить все события, предшествовавшие смерти Мэри.
