Действие игры проходит через три года после окончания Red, Blue, Yellow, FireRed и LeafGreen. Главный герой — ребёнок (игрок сам выбирает персонажу имя и пол), который отправляется в путешествие по Джото. По умолчанию персонажа-мальчика зовут Этан, а персонажа-девочку — Лайра. Если выбрать девочку, неигровым персонажем выступит мальчик Этан, так же и с Лайрой.
Цели главного героя — стать Чемпионом региона, а также победить возродившуюся Команду R, преступную организацию, которая распалась за три года до действия игр.
