Сюжет игры начинается во время вторжения Золотой Армады, могущественного флота протоссов, на их прародину, Айур, ныне поглощённую зергами. Иерарх Артанис и верховный вершитель Селендис, возглавляющие вторжение на планету, уже готовы отдать приказ, но в последний момент из Пустоты появляется прелат Зератул, которого Селендис тут же пытается арестовать. Зератул просит Артаниса поверить в то, что их главный враг, Амун, известный также, как «Падший» или «Мрачный Голос», пробудился и стремится при помощи своих гибридов уничтожить всю галактику.
