После полного уничтожения Метроидов на планете SR388 в игре Metroid II: Return of Samus, Самус Аран доставила новорожденного Метроида, названного ею Малышом, на исследовательскую станцию Космическая Колония Ceres и, по всей видимости, оставалась там, в то время как ученые станции исследовали маленького Метроида. В результате научных исследований выяснилось, что свойства Метроидов могут быть использованы во благо человечества. Оставив Малыша на попечении ученых, Самус покидает Ceres в поисках новых заданий. Однако спустя короткое время после отлета Самус получает сигнал о помощи с Ceres и возвращается, чтобы выяснить, в чем дело.
