Игра начинается в 2014 году, спустя 48 часов после окончания событий оригинального Advanced Warfighter. Скотта Митчелла отправляют на Американо-Мексиканскую границу, где разгорелся конфликт между мексиканскими повстанцами, военными и армией США.
В Мехико убивают премьер — министра Канады, под угрозой оказывается жизнь президента США, а власть в Мексике переходит в руки вооруженных повстанцев. Отряд Митчелла под управлением игрока должен установить мир в регионе и не допустить жертв со стороны мирного населения.
