Действие игры разворачивается в 1996 году. Лара Крофт находится в Калькутте, Индия. Там она встречает старого и, судя по её реакции на его приход, не самого хорошего знакомого — Ларсона Конвэя. Он знакомит Лару со своим боссом — Жаклин Натлой, главой компании «Натла Текнолоджис». Мисс Натла предлагает Ларе заняться поисками «Наследия Атлантиды», якобы для её научных исследований.
Лара соглашается и Натла сообщает ей место нахождения первой части Наследия — Перу. Лара немедленно отправляется туда.
