Сюжет игры основан на сказках Льюиса Кэрролла «Алиса в Стране Чудес» и «Алиса в Зазеркалье», однако представлен другим вариантом этой вымышленной вселенной — мрачным, наполненным жестокостью и насилием.
В игре рассказывается, как за несколько лет до начала её основной сюжетной линии в доме маленькой девочки Алисы происходит пожар, в котором погибают её родители, а сама Алиса, спавшая и находившаяся тем временем в Стране чудес, получает эмоциональную травму, считая себя виноватой в их смерти. После нескольких лет лечения в психиатрической клинике, не давших результата, девочка вновь попадает в Страну чудес, но уже обезображенную её травмированной психикой.
