25 мая 2004 год неизвестный космический корабль бомбардировал Землю смертоносными спорами. Позднее этот период был назван «Сумерками». За время Сумерек на Земле погибло большинство высокоорганизованных организмов, а в разных точках Земли стали появляться мутанты.
Выжившие земляне образовали так называемый «Совет Земли». 1 января 2005 года игрок берёт на себя роль командующего элитным подразделением, главной задачей которого является борьба с инопланетными захватчиками и трансгенантами.
