Действие истории происходит после окончания первой Killzone.
Главный герой, наемник Аарон Даннер, работающий на компанию Phantom talon corp., выполняет боевые задания, всеми силами помогая вектанскому вторжению на Хеллган, пока не получает задание спасти семью вектанского посла, в одночасье лишившегося политической неприкосновенности. Спасти самого посла и его жену Даннеру не удается, но сын посла эвакуируется из разрушенного посольства, после чего за ним начинают охотиться обе стороны конфликта. Теперь Даннер вынужден разбираться с более серьезной проблемой, спасать обе расы от уничтожения и, главное, ему предстоит понять, почему же мальчик так важен и что это за страшный «вирус»…
