Действие игры разворачивается в Грибном Королевстве, но продолжается в Бобовом Королевстве. В игре Марио и Луиджи борются против ведьмы Каклетты, основного антагониста игры. По сюжету, Каклетта, вместе со своим помощником Фофулом украли голос Принцессы Пич и только герои должны их остановить прежде чем они доберутся до Бобовой Звезды.
