2084-й год, человечество пережило экокатастрофу планетарного масштаба. Теперь на Земле невозможно жить без специальных фильтрующих систем, и все оставшееся человечество перебралось в один гигантский город — Мегапрайм. Город состоит из нескольких спецрайонов: элитного, научного, бизнес-центра и района трущоб. Последний поделили между собой 3 бандформирования и мафиозные кланы. В дополнение ко всему, над Землей открылись тетраэдроны — треугольные туннели в иной мир, который стал посылать на Землю свои НЛО. Правительство начало борьбу с пришельцами и возродило агентство X-COM.
