События Phantom Doctrine разворачиваются в альтернативной реальности во время «холодной войны», в 1983 году. Секретная организация «Кабал» и стоящий во главе её игрок раскрывают глобальный заговор в духе конспирологических теорий, натравливая одну державу на другую. Вы единственный агент, со смертью которого игра заканчивается. Остальными можно пожертвовать ради великой цели, но… великой ли?
