Сюжет игры основывается на противоборстве и сотрудничестве трёх рас — терранов, протоссов и зергов. Действие игры начинается в 2499 году в секторе Копрулу, когда терраны сталкиваются с неизвестными доселе враждебными существами — зергами. При этом Конфедерация, доминирующее в секторе государство терран, отказывает в помощи мирным жителям одной из своих планет, Мар-Сары, эвакуируя лишь войска. Тогда инициативу по защите планеты берет в свои руки её новоназначенный магистр Мэтт Хорнер и местный шериф Джим Рейнор.
