Действие «Mysteries of the Sith» происходит через пять лет после событий Star Wars: Jedi Knight: Dark Forces II. Кайл Катарн берет себе в ученики Мару Джейд, которая не желает учиться у Люка Скайуокера. Практикуясь в мастерстве джедаев, они также работают на Новую Республику на одной из её баз.
