Действие «Prince of Persia 2» начинается через 11 дней после завершения сюжета первой части игры.
Злой визирь Джафар выжил: его выручило знание чёрной магии. Джафар перевоплощается в Принца, превращая самого главного героя в нищего. Принц пытается поговорить с Принцессой, однако Джафар приказывает схватить его. Принцу ничего не остаётся, кроме как выпрыгнуть из окна и бежать из города на торговом судне.
