В 1980-х, Кевин Флинн вошёл в мир внутри компьютера после того, как его «оцифровали». С помощью программы безопасности по имени Трон, Флинн победил тирана ПМК. После уничтожения этой мощной программы способность «оцифровывания» была потеряна.
Действия игры разворачиваются через 20 лет после окончания событий, описанных в фильме «Трон». Флинн давным-давно ушёл из компании, передав «штурвал» Алану Брэдли, создателю Трона. Алан разработал компьютерную систему Ma3a, обладающую искусственным интеллектом. С помощью Ma3a вновь стал возможен перенос человека внутрь компьютера и обратно. Об открытии Алана узнала корпорация fCon. После провала переговоров о покупке фирмы, Алан загадочным образом исчезает.
