События игры разворачиваются в небольшой вымышленной стране Арулько. Здесь обманом захватила власть королева Дейдрана, свергнув законного наследника Энрико Чивалдори. Последний был вынужден бежать из страны, чтобы спасти свою шкуру. В Арулько постепенно установился жесткий тоталитарный режим. Любые волнения и повстанческие настроения жестоко пресекаются, а виновные караются по всей строгости закона.
Энрико Чивалдори нанимает отряд наёмников, которым поручает задание свергнуть власть Дейдраны и вернуть её законному наследнику. Главный герой игры «Jagged Alliance 2: Агония власти» — предводитель команды наёмников. Это опытный лидер, имеющий в активе много лет партизанских и шпионских операций.
