Основной сюжет игры разворачивается 31 декабря 2199 года через сто лет после Первой Войны Магии, во время которой Шесть Героев победили Чёрного Зверя, который мог полностью уничтожить человечество. Герои дали людям возможность использовать Арс Армагусы, синтез науки и магии. После исчезновения Героев человечество создало Novus Orbis Librarium, которая управляла населением с помощью Магусов. Однако социальное и экономическое неравенство между теми, кто мог использовать магию и теми, кто не мог этого делать, привели ко Второй Войне Магии. После победы в войне, Библиотека ужесточила законы и казнила всех, кто выступал против неё.
Сюжет Calamity Trigger начинается с декабря 2199 года. Главный герой серии уничтожает несколько отделений NOL. В ответ на это Рагна был назван преступником SS класса и за его голову была назначена самая большая награда за историю человечества. Немалую роль сыграл и тот факт, что Рагна обладает Арс Магусом Azure Grimoire. На охоту за героем отправляются почти все персонажи игры…
