В начале игры загадочный G-Man ментально будит Гордона и довольно туманно намекает на вновь предстоящие «великие дела». Несколько секунд спустя Гордон оказывается в поезде, прибывающем в Сити 17, безоружный и без своего защитного энергокостюма, который служил ему верным помощником и неоднократно спасал жизнь в первой части игры.
Вскоре обстановка начинает проясняться: Сити 17 находится под властью тоталитарного правительства, главой которого является Уоллес Брин, как выясняется позже, бывший администратор научно-исследовательского центра Чёрная Меза. Но Брин, в свою очередь, сам пешка в руках лидеров могущественного союза — Альянса.
