Действие игры разворачивается в городе Эшфилд, находящемся недалеко от Сайлент Хилла, происходит в «реальном» мире и мире «сна», и сосредоточено на главном герое Генри, пытающемся сбежать из запертой квартиры.
Сюжет Silent Hill 4 строится вокруг посещений иных миров, в которые протагонист попадает через странные туннели, образовавшиеся в его квартире. Исследуя миры квартиры, метро, леса, водной тюрьмы, здания и больницы, Генри пытается осмыслить происходящее, спастись от монстров и не стать жертвой серийного убийцы.
