Перед началом сюжета на игрока выходят ассасины настоящего и просят найти Мудреца в памяти Арно.
Сюжет разворачивается вокруг молодого ассасина Арно Виктора Дориана. Его отца убили, когда он был ещё маленьким. В тот же день он знакомится со своей будущей возлюбленной Элизой де ла Серр. Через много лет он становится свидетелем убийства её отца, Великого магистра ордена Тамплиеров Франсуа де ла Серра. За это преступление его сажают в Бастилию, где он знакомится с заключённым Пьером Беллеком, мастером ассасином.
