После событий Clock Tower: The First Fear прошёл один год. Дженнифер Симпсон находится в Осло, где проходит сеанс психотерапии, который должен помочь справиться ей со стрессом, испытанным в особняке Часовая башня.
В центре сюжета игры находится ещё один выживший после серии убийств в особняке — мальчик Эдвард, а также вновь появившийся Человек с ножницами.
