Игроку предстоит побывать в роли Агента-2 из организации Office of Secret Actions (OSA), по имени Уильям «Би-Джей» Бласковиц, который также был главным героем Wolfenstein 3D. Он был схвачен 17 марта 1943 года и вместе с Агентом-1 отправлен в тюрьму в замке Вольфенштайн, где Агент-1 умирает под пытками электричеством. Сумев сбежать и перебив основную массу охраны замка, Бласковиц покидает его на фуникулёре и встречается с бойцом группы Сопротивления «Крейзау» Кесслером.
