Главным героем игры является Натан «Нейт» Дрейк — искатель приключений и охотник за сокровищами, называющий себя потомком сэра Фрэнсиса Дрейка. Его спутниками являются Виктор «Салли» Салливан, давний друг и наставник Нейта, и Елена Фишер, журналистка, снимающая документальный фильм об экспедиции Дрейка.
Основным антагонистом игры является охотник за сокровищами Габриэль Роман. На Романа работают наёмники под предводительством Атока Наварро и индонезийские пираты, которых возглавляет Эдди Раджа, давний враг Нейта.
