Новый главный герой игры — сын пирата Эмануэля «Стальной Бороды» и старший брат Пэтти, спутницы героя предыдущих частей. В самом начале игры он вместе со своей сестрой отправляется на Крабовый Берег в поисках храма с сокровищами, в храме его душу поглощает могущественный повелитель теней, а его тело погибает на руках Пэтти. Спустя 3 недели после погребения, главного героя возвращает к жизни шаман-вуду Бонс. Теперь его цель — вернуть себе потерянную душу, для этого придётся заручиться поддержкой одной из фракций в игре, вновь собрать команду, обзавестись кораблём и попутно спасти мир от новой угрозы.
