Действие игры разворачивается в вымышленном мире на архипелаге Эль Нидо, к западу от материка, где происходили события Chrono Trigger. На этот раз главное действующее лицо — юноша из небольшого рыбацкого посёлка по имени Серж, который попал в параллельный мир.
