Сюжет игры излагается посредством роликов, в которых показывается некая книга с описанием и изображениями событий, которые озвучивает голос протагониста. Судя по всему, действия разворачиваются одновременно с действиями «Painkiller: Битва за пределами ада».
Даниэль Гарнер уничтожает Люцифера. Однако это имеет одно непредвиденное последствие. За много тысячелетий до событий игры противоестественный союз ангела и демонессы породил уникальное существо — полуангела-полудемона — Белиала. Это существо обладало искусством создания порталов и управления временем. Однако оно было слишком могущественно. Оно происходило из обоих миров и не принадлежало ни к одному из них. Оно стало слишком сильным и начало представлять угрозу. Тогда Рай и Ад заключили договор. Люцифер послал своего лучшего слугу — Цербера, дабы сразить Белиала. А архангел Самаэль наблюдал за тем, чтобы договор был исполнен. Цербер одолел Белиала и оторвал ему крылья. Но Белиала не хотели убить. Он мог пригодиться, ведь кто знает, когда могли пригодиться способности Хранителя Порталов. Его поместили в отдалённую часть Чистилища, в волшебную клетку, закрытую на замок, запертый жизнью самого Люцифера. Белиал находился в заточении много тысяч лет, однако в момент смерти Люцифера клетка разрушилась и Белиал вырвался на свободу. Одержимый жаждой мести, он решает найти тех, кто был ответственен за его заточение — Цербера и Самаэля.
