События в игре начинаются в 2062 году. За это время Тиберий распространился по всей Земле и если эти темпы сохранятся, то планета станет непригодной для жизни к 2068-му году. Человечество на грани исчезновения. Лидер Братства Нод Кейн отправляется прямо в штаб GDI, вместе с Тацитом для постройки Сети Контроля Тиберия, которая позволила бы управлять распространением Тиберия, превратив его в недорогой источник энергии. Сама кампания начинается спустя 15 лет после формирования союза, поскольку строительство сети приближается к концу. Однако экстремисты из обеих фракций устраивают волнения, которые начинают Четвертую тибериевую войну.
