Август 1957, Америка потеряна. 90% населения Земли убиты или превращены в химер. Джозеф Капелли, бывший солдат американской армии, который боролся с угрозой Химер, был отчислен из военных подразделений А.С.Н.И.П. за убийство Натана Хейла, протагониста предыдущих 2-ух игр.
С последовавшим расформированием А.С.Н.И.П. человечество потеряло последнюю надежду отвоевать планету у захватчиков. Джозеф бросил борьбу с инопланетной угрозой, зажил обычной жизнью.
