Действие игры протекает одновременно с сюжетом фильмов Матрица: Перезагрузка и Аниматрица, начинаясь по хронологии сразу после фильма «Последний полёт Осириса», в котором экипаж корабля Осирис оставляет в Матрице послание о машинах, копающих ход к Зиону, связывая воедино сюжеты мультфильма и фильма. Главными героями игры являются Ниобе и Призрак, второстепенные персонажи фильма Матрица: Перезагрузка.
