События игры разворачиваются через несколько лет после окончания оригинальной игры в городе Stilwater. В конце Saints Row главный герой оказался на волосок от смерти. Раненый, изможденный, он все равно думал только о мести, и теперь пришло время вернуться в город, который отвернулся от него…
