Сюжет игры Total Annihilation: The Core Contingency заключается в том, что в далёком 4000 году грандиозная битва кланов Arm и Core привела к тому, что Галактика была разрушена окончательно. К сожалению, борьба обеих сторон с применением супер-современных технологий, от плазмагана до гигантского робота, продолжается. И единственный способ остановить это безумие заключается в полной победе одного из противников.
В игре Total Annihilation: The Core Contingency вы назначаетесь командиром одной из противоборствующих сторон, и вашей задачей является постройка своей базы, способной уничтожить противников. Кампания стратегии Total Annihilation: The Core Contingency разделяется по миссиям, цели их достаточно разнообразны — от уничтожения специфических целей до захвата вражеских баз.
