История начинается с Тайной войны, действие которой происходит в Латверии.
В игре сюжет следует кроссоверу Гражданская война: борьба между героями и злодеями вызывает взрыв в Стэмфорде, Коннектикут, при котором погибают сражавшиеся герои и 612 гражданских лиц. Правительство называет инцидент супер-небрежностью, а общество требует о принятии закона о регистрации суперлюдей.
