Сюжет квеста Alien: Isolation происходит спустя 15 лет после событий оригинального фильма Ридли Скотта «Чужой».
В игре Alien: Isolation геймер играет от лица Аманды, которая не обладает особыми силами и не имеет специальной подготовки, но ей предстоит повстречаться с непредсказуемым и безжалостным ксеноморфом — Чужим. Именно поэтому с помощью игрока ей нужно будет в безвыходных ситуациях проявлять находчивость, а перед лицом смертельной опасности — быстрые решения, а также в полной мере воспользоваться своим главным преимуществом — разумом. Только так есть возможность выжить!
