Сюжет Birth by Sleep развивается за 10 лет до начала первой Kingdom Hearts и повествует о троих друзьях: Вентусе, Акве и Терре; все трое появлялись в эпизодических ролях в Kingdom Hearts II.
Каждый из троих главных героев имеет собственную сюжетную линию, которую надо проходить отдельно от других. Вентус, Аква и Терра по заданию своего учителя Мастера Эракуса ищут пропавшего Мастера Зеанорта, попутно сражаясь с чудовищами — «Неведающими».
