Действие игры происходит между событиями Borderlands и Borderlands 2.
Сюжет Borderlands: The Pre-Sequel разворачивается на луне Пандоры — Элписе и рассказывает нам историю становления корпорации «Гиперион» и его главы — Красавчика Джека, который тогда был ещё простым программистом по имени Джон, мечтавшим разыскать некий ценный артефакт.
