Prototype 2: Murder Your Maker

Сюжет подается от лица сержанта Джеймса Хеллера. Вернувшись после сложной военной операции в родной Нью Йорк, он обнаруживает свою семью жестоко убитыми мутантами, выполнявшими приказ Алекса Мерсера, главного героя первой части. Теперь Джеймсу предстоит убить виновника, но чтобы добраться до него и победить в решающей схватке ему необходимо стать мутантом!