После окончания первой части на Марсе, нанотехнологию Чапека прибрали к рукам Силы Обороны Земли (СОЗ). С такими продвинутыми технологиями, СОЗ начинают реорганизацию корпорации Ультор, сосредотачиваясь на улучшенных суперсолдатах и вооружении. Но исследования Чапека были также выкрадены и другими военными группировками и террористическими организациями. Так продолжалось многие годы; эти исследования постоянно переходили из рук в руки в преступном мире планеты. Игрок представляется как эксперт по взрывчатке по прозвищу Элиас, который отправляется на спецзадание по краже этих исследований для Республики Содружества.
