В начале игры игрок управляет Томасом Андерсоном, который ещё не обладает сверхсилой. На протяжении игры персонаж будет постепенно получать новые способности и обучаться новым техникам боя. Часть этих умений составляют приёмы, использованные Нео в фильме, включая уклонение от пуль, остановка пуль и полёт. Кроме рукопашных приёмов, игрок может использовать пять видов оружия для уничтожения противника.
Во время игры игрок повстречает всех основных персонажей трилогии.
