История продолжает события первого Command & Conquer: Red Alert — союзники побеждают в войне, а Сталин погибает во время финальной битвы за Москву. Главой поверженного Советского Союза союзники назначают Председателя Совета Министров СССР Александра Романова, как «марионетку» для поддержания мира. Однако у Романова другие планы: помня об унижении, которое испытал русский народ во время союзнической оккупации, он готовится отомстить Америке.
