Игра Cyberia 2: Resurrection является логическим продолжением экшена Cyberia. Она начинается именно с того момента, когда заканчивается первая часть игры. По сюжету, уничтожив лидера FWA Devlin и его орбитальную штаб-квартиру, Зак спокойно возвращается на Землю, однако именно здесь его захватывают в плен приспешники гвардии SWA, во главе которой стоит маньяк-доктор Корбин.
Доктор-маньяк помещает Зака в криохранилище, используя оставшееся оружие Киберии, чтобы создать смертоносный вирус Нано-Токсин. В планах союзников Корбина использование этого оружия для слома растущего сопротивления повстанцев, однако у их лидера свои планы на использование этого оружия: перестроить мир по своему извращённому вкусу, погубив при этом миллионы человеческих жизней. По ходу игры Cyberia 2: Resurrection через три года после заморозки Зака изменник Major выпускает его из криохранилища, предлагая найти доктора Корбина и разрушить его зловещие планы.
