В этот раз история глубже затрагивает мифологию вселенной Fabula Nova Crystallis, фокусируя внимание на богине Этро. Миры Пульс и Кокон из оригинальной игры присутствуют и в продолжении, игрок имеет возможность посетить старые локации и взглянуть на них спустя много лет в разных временных периодах.
В игре всего два игровых персонажа: Сера Феррон, младшая сестра Молнии, и подросток Ноэль Крайсс, пришедший из далёкого будущего. В своём мире он был последним выжившим представителем человеческой цивилизации, теперь он путешествует во времени, пытаясь хоть как-то отвратить ужасную судьбу, надвигающийся на человечество апокалипсис.
Сама Молния теперь служит рыцарем на защите богини Этро, противостоит загадочному антагонисту с пурпурными волосами Кайюсу Балладу, который тоже пришёл из будущего, причём когда-то был другом и наставником Ноэля.
