Главный герой игры — Барни Калхаун — обычный охранник, работающий в научно-исследовательском комплексе «Чёрная Меза», отвечающий за безопасность персонала и сохранность оборудования в подземном секторе комплекса. Во время каскадного резонанса, Калхаун оказывается запертым в лифте вместе с двумя учёными. Он поднимается по лифтовой шахте и вскоре пробивается с боем по подземельям комплекса в поисках выхода на поверхность. Калхаун спасает нескольких учёных, которые были заперты в железнодорожных вагонах.
Один из учёных, доктор Розенберг, сообщает Калхауну, что комплекс занят солдатами из спецподразделения HECU, целью которых, помимо ликвидации инопланетной угрозы, является уничтожение всего персонала Чёрной Мезы как свидетелей. Единственный шанс сбежать из комплекса — использовать старый прототип телепорта в старом комплексе. Если он работает, то с его помощью можно будет телепортироваться за пределы Чёрной Мезы.
