Первая половина игры является ремейком Escape from Butcher Bay. Сюжет «Assault on Dark Athena» начинается сразу после событий первой части.
Случилось так, что Джонс, который и доставил изначально Риддика в «Бухту Мясника», помог ему и сбежать оттуда. На его корабле, находясь в состоянии анабиоза, они оказываются затянутыми на «Темную Афину» — гигантский корабль наемников, управляемый Гейл Ревас и ее заместителем Скиннером. Риддику удается избежать пленения, после чего ему предстоит попытаться освободить пленников, включая бывшего капитана «Темной Афины», а также помочь маленькой девочке Линн, прячущейся в вентиляционных шахтах.
