Сюжет повествует о молодом солдате по имени Адриан Шепард, который прибыл в Чёрную Мезу для проведения особой операции. Как и в последующих играх, Half-Life: Decay и Half-Life: Blue Shift, Half-Life: Opposing Force изображает события, произошедшие в Half-Life, но c точки зрения другого персонажа — в данном случае, солдата HECU. Игрок во время игры может увидеть, как пробегает по своим делам доктор Гордон Фримен; посмотреть, как главнокомандующий HECU отдаёт по радио приказ, который слышал по радио доктор Фримен; посетит уже знакомые места.
