Игра представляла заметно изменённый геймплей, менявший весь процесс прохождения игры и требовавший от игрока вырабатывания новой тактики поведения. Основное изменение коснулось схемы взаимодействия с противниками: принятая в предыдущих играх серии модель, в которой Марио мог убить врага, прыгнув на него сверху была устранена. Вместо этого была добавлена возможность бросать в противника различные предметы, распределённые по игровым уровням. Предмет можно взять, предварительно прыгнув на него.
Таким образом в Super Mario Bros. 2 противника можно убить только с помощью постороннего предмета, другого противника, либо взяв бонус — «звезду», дающую неуязвимость.
